应用肠内营养时经常出现腹泻的症状，出现率约30%，有些患者家属甚至因为害怕腹泻，不敢喂食肠内营养，造成营养不良，后果比腹泻更加严重。因此不能因泻废食，但是严重腹泻可能导致水电解质紊乱，需要及时分析原因及处理。
常见的腹泻原因包括以下几项：
1.速度相关性腹泻
喂养时速度应从小量开始，可以用重力滴注或泵控制速度，从每小时20毫升起步，肠道耐受后逐步增加量，直到达到目标量，对于长期未使用胃肠道的患者，起始速度应更慢。
2.渗透压相关的腹泻
渗透压较高的浓钠和高糖从胃管注入后容易出现腹泻，小分子肠内营养制剂如短肽、氨基酸制剂渗透压较高，早期应用时应注意调节渗透压。一些药物如乳果糖、山梨醇、镁制剂也会造成腹泻，应用时需要注意。
3.温度相关性腹泻
肠内营养制剂温度过低，可能导致腹泻，因此应用时注意加温、保温。{麻醉耗材}
4.菌群紊乱相关性腹泻
是最常见的腹泻原因，患者长期、大量应用抗生素造成肠道菌群失调，甚至伪膜性肠炎，表现顽固性腹泻，可应用去甲万古霉素、益生菌、益生元进行治疗。
5.长期缺乏膳食纤维也可以造成腹泻
可溶性膳食纤维有促进粪便成形的作用，对此类患者应用含有膳食纤维的肠内营养制剂后，腹泻可好转。但是在长期禁食后，应缓慢增加肠内营养中的膳食纤维。
6.脂肪相关性腹泻
在较长期禁食后，刚恢复肠内营养，脂肪类营养素容易出现肠道不耐受的情况，针对脂肪性腹泻，开始时可以采用低脂肠内营养制剂，肠道耐受后逐渐向平衡型转变。
7.乳糖不耐受引起的腹泻
正常时饮用牛奶无不适的患者，疾病状态中也可以因为乳糖酶减少出现乳糖不耐受现象，应用不含乳糖的制剂，或者加用乳糖酶可以缓解症状，等待患者乳糖酶数量功能恢复后，逐渐增加含乳糖制剂
8.疾病相关的腹泻
明显高血糖的患者，炎症性肠病及甲亢患者，也很容易出现腹泻症状，因此应积极控制原发疾病。
9.低蛋白血症相关性腹泻
血浆白蛋白明显降低时，肠道粘膜水肿、容易出现腹泻，可以应用高蛋白肠内营养配方，经泵持续喂养，血浆白蛋白逐渐升高后，腹泻好转。
10.低钠血症
低钠血症可导致腹泻，肠内营养配方中钠量只是日常量。因此低钠患者可在肠内营养液中适当添加食盐，或用盐水冲管，进行补钠，同时要监测血钠指标。
在肠道功能较差时，过早地添加自然食物肉、蛋、奶、豆类等，容易出现消化不良腹泻。
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